Происхождение Албуфейры восходит к доисторическим временам, вероятно, начиная с морского форпоста. Римляне, которые назвали его Балтумом, создали инфраструктуру, такую как акведуки, дороги и мосты, а также развивали сельское хозяйство и торговлю. После падения Римской империи территория находилась под контролем вестготов, а позже, в начале 8 века, была завоевана мусульманами Северной Африки. Название Албуфейра происходит от арабского «аль-Бухайра» (البحيرة), что означает «лагуна».
Мавры укрепили регион, сделав его одним из своих последних оплотов в Португалии. Они усовершенствовали методы ведения сельского хозяйства, внедрив новые методы, орошение и превратив ландшафт в плодородные сады и фруктовые сады.
Средневековье
Христианское завоевание Албуфейры началось в конце 12 века. К тому времени, когда Афонсу III вступил на трон, большая часть Алгарве находилась под контролем христиан, хотя Албуфейра сопротивлялась до 1249 года, когда она пала под натиском войск Афонсу III после захвата Фару. В 1250 году город был передан Ордену Ависа. После его завоевания мавры были преследуемы и заперты в пещере, ныне известной как Кова-ду-Шорино. Албуфейра стала частью Королевства Португалия, и король Мануэл I даровал ей хартию 20 августа 1504 года.
18 и 19 века
Албуфейра сильно пострадала от стихийных бедствий, в частности от землетрясения в Лиссабоне в 1755 году, которое вызвало 10-метровые волны, опустошившие город, оставив только 27 зданий, все в руинах. Приходская церковь рухнула, в результате чего погибли 227 человек. Усилия по реконструкции были затруднены продолжающимися афтершоками до 1756 года.
В 1833 году, во время либеральных войн, Албуфейра подверглась нападению антилиберальных сил Ремексидо, что привело к значительным разрушениям и человеческим жертвам. Позже город вырос за счет расширения рыболовства, ежегодно отмечаемого «Festival de Peixes», чествующим рыбную промышленность, которая внесла свой вклад в развитие города.
В начале 20-го века экономика Албуфейры была основана на экспорте рыбы и орехов, на пяти фабриках работало 700-800 человек, в основном жены рыбаков. Однако между 1930 и 1960 годами местная экономика пришла в упадок, что привело к закрытию заводов, сокращению рыболовецких лодок и заброшенным домам. Население сократилось вдвое, и рыболовство стало натуральным промыслом.
В 1960-х годах Албуфейра начала превращаться в туристический центр, расширяясь на окружающие холмы, чтобы принять тысячи из 5 миллионов туристов, посещающих Алгарве каждый год.