Die Ursprünge von Albufeira reichen bis in die Vorgeschichte zurück und begannen wahrscheinlich als maritimer Außenposten. Die Römer, die es Baltum nannten, errichteten Infrastrukturen wie Aquädukte, Straßen und Brücken und förderten Landwirtschaft und Handel. Nach dem Untergang des Römischen Reiches wurde das Gebiet von den Westgoten kontrolliert und später, im frühen 8. Jahrhundert, von nordafrikanischen Muslimen erobert. Der Name Albufeira leitet sich vom arabischen "al-Buħayra" (البحيرة) ab, was "die Lagune" bedeutet.
Die Mauren befestigten die Region und machten sie zu einer ihrer letzten Festungen in Portugal. Sie entwickelten die landwirtschaftlichen Praktiken, indem sie neue Techniken und Bewässerung einführten und die Landschaft in fruchtbare Gärten und Obstgärten verwandelten.
Mittelalter
Die christliche Eroberung von Albufeira begann im späten 12. Jahrhundert. Als Afonso III. den Thron bestieg, war der größte Teil der Algarve unter christlicher Kontrolle, obwohl Albufeira bis 1249 Widerstand leistete, als es nach der Einnahme von Faro an die Truppen von Afonso III. fiel. Im Jahr 1250 wurde die Stadt dem Orden von Aviz übergeben. Nach der Eroberung wurden die Mauren verfolgt und in einer Höhle gefangen gehalten, die heute als Cova do Xorino bekannt ist. Albufeira wurde Teil des Königreichs Portugal, und König Manuel I. verlieh ihm am 20. August 1504 die Charta.
18. und 19. Jahrhundert
Albufeira wurde durch Naturkatastrophen schwer beschädigt, insbesondere durch das Erdbeben von Lissabon im Jahr 1755, das 10 Meter hohe Wellen verursachte, die die Stadt verwüsteten und nur 27 Gebäude übrig ließen, die alle in Trümmern lagen. Die Pfarrkirche stürzte ein und tötete 227 Menschen. Der Wiederaufbau wurde bis 1756 durch anhaltende Nachbeben behindert.
Im Jahr 1833, während der Liberalen Kriege, wurde Albufeira von den antiliberalen Kräften Remexidos angegriffen, was zu erheblichen Zerstörungen und Verlusten an Menschenleben führte. Später wuchs die Stadt durch die Ausweitung der Fischerei, an die jährlich das "Festival de Peixes" erinnert, zu Ehren der Fischereiindustrie, die zur Entwicklung der Stadt beigetragen hat.
Zu Beginn des 20. Jahrhunderts wurde die Wirtschaft von Albufeira vom Export von Fisch und Nüssen angetrieben, mit fünf Fabriken, die 700 bis 800 Menschen beschäftigten, hauptsächlich Fischerfrauen. Zwischen 1930 und 1960 ging die lokale Wirtschaft jedoch zurück, was zu Fabrikschließungen, einer Reduzierung von Fischerbooten und verlassenen Häusern führte. Die Bevölkerung halbierte sich, und die Fischerei wurde zu einer Subsistenztätigkeit.
In den 1960er Jahren begann Albufeira, sich in ein Touristenzentrum zu verwandeln und sich in die umliegenden Hügel auszudehnen, um Tausende der 5 Millionen Touristen zu beherbergen, die jedes Jahr die Algarve besuchen.